Người chơi là một chàng trai trẻ sống với người bạn Takakura trong một trang trại nhỏ ở Forget-Me-Not-Valley,[3] gần giống với Harvest Moon: Friends of Mineral Town. Trò chơi bắt đầu với Harvest Goddess, một nữ thần trong Harvest Moon đang thi thố với Witch Princess. Đa phần Nữ thần sẽ chiến thắng trong các trận chiến nhưng lần này Phù thủy quyết định sử dụng một phép thuật mới để khiến đối thủ im lặng. Thật không may, bùa chú bị trục trặc và Nữ thần bị biến thành đá. Nhằm hóa giải vấn đề, Phù thủy sử dụng một câu thần chú khác và Nữ thần biến đi đến một thế giới khác! Để khắc phục vấn đề này, Phù thủy sử dụng phép thuật lên các thần lùn Harvest Sprite (những sinh vật nhỏ, giống yêu tinh) với hy vọng rằng họ sẽ có thể tìm ra Nữ thần, nhưng tất cả đều biến mất. Cuối cùng, Phù thủy yêu cầu người chơi hãy mang tất cả Harvest Sprite quay trở lại để giải cứu Nữ thần.

Có một số dân làng cùng sống trong thung lũng, chín cô gái độc thân và năm tình địch. Các nhân vật và địa điểm trong Harvest Moon DS cũng giống như trong Harvest Moon: A Wonderful Life với một số khác biệt nhỏ.